Het ‘defect’ dat het syndroom van Noonan veroorzaakt, kan zich op verschillende plaatsen in het DNA situeren. Op basis daarvan worden meerdere types van het syndroom onderscheiden die veroorzaakt worden door mutaties in de volgende genen:

• PTPN11: ong 50%
  • ontdekt in 2001
  • meest courante vorm van het syndroom van Noonan
  • vaak kleine gestalte
  • vaak valvulaire pulmonaal stenose
• SOS1: 10-15 %
  • ontdekt in 2006
  • vaker normale groei / meer huidafwijkingen
  • vaker normale ontwikkeling
  • vaker afwijking van het hart septum (tussenschot in hart)
• KRAS: <5%
  • ontdekt in 2006
  • zeldzaam!
  • variërend van mild Noonan syndroom tot ernstig Noonan syndroom
• RAF1: 3-17%
  • vaker hypertrofische cardiomyopathie
  • bij 1/3 pigmentafwijkingen van de huid zoals café-au-lait vlekken, lentigines en naevi (geboortevlekjes)
• NRAS: <1%
  • recent ontdekt in 2009
• SHOC2:
  • recent ontdekt in 2009
  • vaak erg broos haar dat snel uitvalt

Het genetisch defect is autosomaal dominant.  Dit betekent dat het Noonan syndroom veroorzaakt wordt door een dominant gen. Iemand die zo een defect gen in zich draagt, hééft ook zelf (de kenmerken van) het syndroom.

Het defect zit maar op 1 van de 2 chromosomen van het chromosomenpaar. Dat betekent dat er ook nog een gezond gen is. Een  Noonan-ouder heeft dus een kans van 50% om het gen dat het syndroom veroorzaakt, door te geven aan zijn of haar kind.

Vaak zijn kinderen bij wie het Noonansyndroom vastgesteld wordt, de enige in hun familie met dat genetisch defect. Als bij hun ouders geen kenmerken gevonden worden van het Noonansyndroom spreekt men in dat geval van een ‘nieuwe mutatie’.